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Condividere le conoscenze per sconfiggere il coronavirus

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Condividere le conoscenze per sconfiggere il coronavirus
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La strada per vincere un virus è lunga e piena di ostacoli. Per questo una strategia basata sulla condivisione dei dati e delle esperienze a livello internazionale può risultare decisiva. In Europa una biobanca dei virus e la piattaforma dei dati sul Covid-19 sono due esempi di questo approccio nella lotta contro la minaccia pandemica.

Eva, la biobanca dei virus

Mentre una parte del mondo scientifico lotta per sconfiggere il virus Sars-Cov2, per lo stesso scopo un settore della ricerca ha bisogno di assicurare l'esistenza di questo ed altri patogeni. L'Archivio europeo dei virus (European Virus Archive o Eva) di Marsiglia è una biobanca dei ceppi virologici che rappresenta uno strumento essenziale per i ricercatori.​

Il progetto europeo Eva (poi diventato Evag= Evagoesglobal), a dodici anni dal suo lancio, ha sviluppato una banca dati tra le più importanti al mondo, che comprende oltre 3 mila prodotti, inclusi virus, sostanze per test e materiali derivati. Si tratta, spiega il professore Jean Louis Romette, coordinatore del progetto, di "Una collezione virtuale. L'idea non era di mettere tutti i virus nello stesso posto, come una specie di Fort Knox della virologia. I virus restano ciascuno nel suo laboratorio".

​ll catalogo on line permette ai ricercatori di ottenere in tempi brevi il materiale di cui necessitano per i loro test di laboratorio. Questo ha permesso di velocizzare i risultati anche sul Covid-19: "Quando questo coronavirus è apparso in Cina -svela Romette - i ricercatori di Eva specializzati nei coronavirus hanno subito concluso che questo virus era della famiglia Sars e hanno rapidamente messo a punto un sistema diagnostico pcr per rilevarlo in campioni prelevati dai pazienti".

L'istituto marsigliese riunisce 35 laboratori all’avanguardia nella ricerca virologica umana, animale e vegetale. Solo i centri di ricerca e gli utenti certificati posso ordinare dal sito il materiale genetico e i differenti prodotti per la ricerca.

La pandemia di Coronavirus ha fatto esplodere i numeri del sito: in due mesi la quantità di richieste di kit diagnostici e ceppi virali è stata pari a quella dei quattro anni precedenti. Una reazione prevedibile, stando a quanto afferma Christine Prat, del settore marketing di Eva: "Quando si studia un virus, e in particolare un virus direi emergente, sul quale ci sono pochi dati disponibili, è molto importante poterlo confrontare con altri virus esistenti conosciuti che sono imparentati. Le biobanche servono anche a questo, a poter confrontare il nuovo all'esistente".

Il materiale virologico viene inviato da centri ricerca, laboratori, università e aziende specializzate; prima di entrare nella collezione, viene testato e registrato nel catalogo, che è a disposizione dell'intera comunità scientifica. Il ricercatore Bruno Coutard, che gestisce la collezione, illustra il procedimento: "Per raccogliere informazioni si infettano delle colture cellulari per far crescere il virus, produrlo, e poi caratterizzarlo. Ne effettuiamo il sequenziamento, per avere la sequenza completa del genoma del virus, e questo ci permette di associarlo a una specie di virus già conosciuta".

Fra gli istituti che hanno messo a disposizione il virus, anche l'italiano Spallanzani

Nel corso di una crisi sanitaria è importante potersi basare su modelli aggiornati e studi approfonditi perché, spiega Xavier Lamballerie, direttore dell'unità che si occupa dei virus emergenti, "Durante un'epidemia abbiamo poco tempo per lavorare. In genere le epidemie durano poco. E se lavoriamo tutti con materiali diversi e caratterizzati male, non è possibile confrontare i vari studi fra loro. Il ruolo di una collezione di riferimento come Eva è di fornire molto rapidamente al maggior numero possibile di partner gli stessi prodotti, caratterizzati molto bene, perché possano svolgere le loro ricerche".

Durante il picco dell'emergenza il centro è stato anche in grado di fornire assistenza a paesi in via di sviluppo inviando kit diagnostici di uso semplice e affidabili. Remi Charrel, supervisore della collezione dei virus, li descrive così: "Quello che facciamo nel database di Eva, per preparare alla risposta, è di sviluppare strumenti diagnostici liofilizzati, che sono stabili a temperatura ambiente e possono essere inviati senza rispettare la catena del freddo. Sono anche estremamente stabili nel lungo periodo, e quindi i laboratori possono usarli in condizioni che sono quelle che si trovano poi sul campo".

​Una banca dati europea a disposizione della comunità scientifica internazionale

L'Embl di Cambridge è uno dei più grandi centri mondiali di studi in biologia molecolare. Ne fa parte l'Ebi, un centro di ricerca bioinformatica che gestisce importanti database contenenti informazioni scientifiche.

Nel contesto dell'emergenza Coronavirus, nell'aprile 2020 è stato lanciato il progetto europeo Covid-19 Data Portal, un portale di condivisione dei dati più recenti sul Sars-Cov-2, nell'ambito del progetto più ampio Covid-19 Data Platform.

La piattaforma è alimentata dai dati provenienti da centri di ricerca e ospedali; dopo un processo di analisi e adattamento agli standard generali, le informazioni sono messe a disposizione della comunità scientifica internazionale. Le cifre parlano. Secondo i dati forniti dalla responsabile dei servizi scientifici, Amonida Zadissa, "Si sono già collegate alla piattaforma più di 50 mila persone da oltre 170 paesi. Questo mostra che è accessibile - e viene usata - a livello mondiale. Abbiamo inoltre ricevuto più di 2 milioni di richieste attraverso il nostro portale e abbiamo più di 90 mila articoli scientifici a disposizione da scaricare per poter fare ricerca".

Le informazioni scientifiche disponibili vanno dalle sequenze del genoma alle caratterizzazioni delle proteine, osservazioni al microscopio e test di laboratorio. Il portale offre anche strumenti di analisi per permettere agli scienziati di interpretare le differenti fonti di informazione.

​Il portale dati sul Covid-19 è la porta d'ingresso di un'iniziativa più ampia, che prevede la creazione di più hub di dati legati al virus Sars-Cov-2. Questo permetterà di organizzare il flusso delle informazioni sull'epidemia e correlarli con i vari aspetti scientifici, dagli studi di laboratorio alle terapie cliniche, come spiega dalla Germania il direttore dell'EMBL Rolf Apweiler: "Il nostro obiettivo è innanzi tutto raccogliere tutti questi dati che sono stati depositati nei database centrali, quindi connetterli con i dati sulla genetica disponibili attualmente e per finire connetterli con i dati clinici esistenti. Gli utenti stanno crescendo rapidamente, c'è una grande diffusione, riceviamo molti feedback e c'è grande interesse in collaborazioni future. È il lavoro scientifico nelle migliori condizioni possibili".

La lotta contro COVID-19 è una sfida globale che coinvolge scienziati, clinici e società. Condividere pubblicamente i dati e lavorare su modelli di virus sempre più precisi potrebbe essere il modo di accorciare la strada verso un vaccino.